Несмотря на то, что законопроект о ФКС уже поступил на рассмотрение в Госдуму, Федеральная антимонопольная служба выражает беспокойство по поводу некоторых положений новой системы. Свои переживания по этому вопросу ФАС высказала в таблице разногласий к проекту закона о Федеральной контрактной системе.